Dokładnej daty powstania Morąga nie sposób ustalić. Historycy są skłonni do umiejscowienia tego faktu w końcu XIII w. Około 1280 roku, na miejscu staropruskiej osady, Krzyżacy zbudowali drewnianą strażnicę, zastąpioną ok. 1370 r. budowlą murowaną. Rozwijająca się przy strażnicy osada ok. 1327 r. uzyskała prawa miejskie (prawdopodobnie było to dużo wcześniej, jednak nie zachowały się żadne dokumenty).Problemy stwarza także ustalenie genezy nazwy miasta. Najczęściej spotykana jest hipoteza, że pochodzi ona od pruskiej nazwy jeziora: Mawrin, Maurin lub Morin. Jest to o tyle trudne, gdyż w czasie burzliwej historii miasta nie zachował się jego przywilej lokacyjny. Na przełomie XIII i XIV wieku, okolicę zamieszkiwało pruskie plemię Pogezan. W drugiej połowie XIII wieku terytorium to zostało opanowane przez Krzyżaków. Wzniesiono zamek a następnie zbudowano osadę, która około 1327 r. otrzymała prawa miejskie. W 1525 r., gdy doszło do sekularyzacji, terytorium to stało się świeckim księstwem stanowiącym lenno Polski, zwanym Prusami Książęcymi. Zamek krzyżacki został wtedy częściowo rozebrany, a pozyskane w ten sposób materiały wsparły budowę pałacu, będącego miejską rezydencją rodu szlacheckiego zu Dohna. Przez następne stulecia Morąg należał do państwa pruskiego. Polskim miastem stał się dopiero w roku 1945.
Liczne zabytki, jak kościół farny, ratusz miejski czy pałac szlachecki świadczą o wielowiekowej i ciekawej historii miasta, którego rozwój zakłócany był poprzez liczne klęski żywiołowe, pożary i epidemie. Spore zniszczenia przyniósł pożar z 1697 roku. Uszkodzeniu uległ ratusz i zamek. Doszczętnie spłonęło Polskie Przedmieście, znajdujące się za jedną z bram miasta (Bramą Ostródzką), usytuowane wzdłuż drogi do Ostródy. Odbudowa miasta zajęła około 50 lat. W pierwszej połowie XIV wieku miasto otoczono murami obronnymi z trzema bramami. W 1440 r. Morąg przystąpił do Związku Pruskiego, a po opanowaniu zamku krzyżackiego w 1454 r. złożył hołd królowi Kazimierzowi Jagiellończykowi. Po pokoju toruńskim miasto pozostało w granicach lennych Prus Książęcych 1807 r. w czasie nagłego ataku pruskiej konnicy nieomal nie dostał się do niewoli marszałek Napoleona, późniejszy król Szwecji Bernadotte. W XVII i XVIII wieku w Morągu i okolicy dość dużą rolę odgrywali Polacy, o czym świadczą powtarzające się na kartach dokumentów miejskich polskie nazwiska: Woliński, Obuchowski, Liszewski, Sadowski, Podleśny, Wilanowski itd.
Wielu urodzonych tu obywateli przysporzyło miastu wiele chwały:
- związana z Morągiem i okolicą rodzina Dohnów.
-burmistrz Marcin Gotschalk podpisał w roku 1446 akces Morąga do Związku Pruskiego.-mieszczanin Salomon w imieniu mieszkańców Morąga odczytał tekst przysięgi na wierność Kazimierzowi Jagiellończykowi w roku 1454.-w XVII i XVIII wieku wielką rolę w Morągu odgrywała rodzina Obuchów. Rodzina wydała kilku znakomitych rzemieślników - artystów. Ich dziełem były wspaniałe organy w wielu kościołach (także w Morągu). Jeden z Obuchów był głośnym misjonarzem w Indochinach w XVIII wieku. Drugiemu, architektowi powierzono w początkach XIX w. kierownictwo odbudowy kompleksu zabudowań zamku krzyżackiego w Malborku.
-Abraham Calovius (1612-1686) -wybitny teolog, profesor uniwersytetu w Wittemberdze.-Jan Gottlieb Willamovius (1736-1777) - poeta, humanista, współczesny Herderowi poeta.
JOHANN GOTTFRIED HERDER (1744-1803) [chyba najbardziej znany mieszkaniec Morąga] - wybitny myśliciel, pisarz, filozof, przedstawiciel społeczno-filozoficznej i literackiej myśli Oświecenia.-Karol Rautenberg -otworzył pierwszą w Morągu księgarnię.-Karol Harich -protoplasta znanej rodziny wydawców i pisarzy, założył w mieście drukarnię w 1832 r.
Przez Morąg prowadziła w średniowieczu droga handlowa łącząca Truso (później Elbląg) z portami czarnomorskimi.
W roku 1725 podkreślano, że: "Miasto jest bardzo żywotne dzięki polskiej drodze krajowej..." Podstawą utrzymania mieszkańców Morąga było w tamtych czasach rolnictwo i handel (zbożem, końmi, bydłem, rybami, drewnem i płótnem). Od 1813 r. Morag był siedzibą władz powiatowych.
Władze miejskie - to od 1809 r. Rada Miejska składająca się z 16-18 radnych i Zarząd Miejski (burmistrz, jego zastępca i sześciu członków magistratu).
Wiek XX przyniósł Morągowi gazownię miejską (1904), nowoczesne urządzenia wodociągowe (1907), kanalizację (1913-1916), energię elektryczną (1923).